牡丹江医科大学校徽正中上下分别是两个M和两个U。大写的字母M为牡丹江和医学（Medical）的英文缩写，下面大写的字母U为大学(University)的缩写，两个蓝色的U表示学校越办越大，越来越强，同时又为水纹造型象征镜泊湖，1958为学校创办年份。

标志整体积极向上，M与U两个图形相互映衬相互促进，犹如中国古代的太极八卦图形，相生相继，生生不息。同时标志形象赋予现代感，环绕的中英文校名又使整体造型更加完整，体现了严谨的医学精神。